La Sede regionale assicura il funzionamento della rete contabile nella regione di propria competenza, provvedendo a fornire il necessario supporto tecnico e metodologico in tutte le fasi della rilevazione, dalla selezione delle aziende a quella della formazione dei tecnici rilevatori, dalla raccolta dei dati aziendali fino alla loro correzione ed elaborazione ai fini di analisi economiche regionali. Nel 2012, con l'impiego di 13 tecnici sono stati rilevati con metodologia GAIA i dati aziendali del campione RICA Molise costituito da 359 aziende agricole. In modo coordinato con l'indagine RICA, l'INEA nell'ambito di uno specifico protocollo d'intesa con la Regione ed il Mipaaf, svolge annualmente l'indagine sui Risultati Economici delle Aziende Agricole (REA) con metodologia messa a punto dall'ISTAT per rispondere alle esigenze della contabilità nazionale ed europea. Nel 2012 con l'ausilio di 7 tecnici  sono state rilevate 255 aziende per l'indagine REA Molise.