Il Programma Operativo Regionale (POR) 2000-2006 Molise è stato approvato nella sua prima versione dalla Commissione Europea con Decisione C(2000)2371 del 08/08/2000.
La nuova versione del POR (gennaio 2005) è stata approvata dalla Commissione con Decisione C(2004) 5448 del 20/12/2004. Il Complemento di Programmazione (CdP) è stato aggiornato a gennaio 2005.