L'ambito Sostenibilità e qualità delle filiere agroalimentari si propone di contribuire alla definizione di traiettorie di sviluppo dei sistemi agricoli e forestali che combinino i tre pilastri dello sviluppo sostenibile: economico (sviluppo di settori competitivi), sociale (garantire la coesistenza di diverse tipologie di soggetti, aziende e territori) e ambientale.

Tra i temi affrontati emerge quello della qualità delle filiere agroalimentari con particolare attenzione ai sistemi di regolamentazione pubblica e di certificazione volontaria tra cui l'agricoltura biologica, o gli standard richiesti dagli operatori privati.
La questione della qualità e sicurezza alimentare è oggi un tema centrale nel dibattito internazionale affrontato da una molteplicità di organizzazioni internazionali quali la FAO o l'Organizzazione mondiale della Sanità e si ripercuote sugli scambi e sugli accordi che li regolano. Lo sviluppo di modelli sostenibili e di garanzia della qualità richiede modifiche nella struttura e organizzazione delle supply chain (associazioni di produttori, integrazione verticale, organizzazione di reti) e politiche che accompagnino questi processi garantendo un'equa distribuzione del valore.
Una reputazione di alta qualità è sempre più necessaria per sostenere la competitività e la redditività dell'agricoltura europea e, in particolare, di quella italiana che non potendo contare su grandi economie di scala, ha sempre puntato sull'eccellenza delle proprie produzioni.  Allo stesso tempo, i consumatori sempre più richiedono prodotti autentici ottenuti con metodi specifici e tradizionali. Sistemi di etichettatura affidabile e denominazioni d'origine sono alcuni degli strumenti utilizzati per comunicare le caratteristiche del prodotto e le modalità di produzione agli acquirenti e i consumatori. Un sistema di regole, controlli e sanzioni efficaci è necessario  per proteggere consumatori e produttori rispetto a pratiche commerciali sleali. Ciò spiega l'impegno del Centro, all'interno di quest'ambito di ricerca, in un'attività di studio finalizzata a offrire un contributo tecnico-scientifico per migliorare l'efficacia del sistema dei controlli di qualità delle filiere agroalimentari.
 

Affrontare le sfide della sostenibilità vuol dire anche, in sintonia con quanto proposto dall'Unione Europea, porre l'attenzione sulla bioeconomia cioè la produzione e trasformazione delle risorse biologiche rinnovabili e dei rifiuti in prodotti a valore aggiunto quali alimenti, mangimi, bioprodotti e bioenergie, mediante l'uso efficiente delle risorse e lo sviluppo di sistemi di produzione a ridotta emissione di gas a effetto serra, che si adattino agli effetti negativi dei cambiamenti climatici e che li attenuino.